Родился в Санкт–Петербурге 10 (22) августа 1859 года. 24 августа протоиерей собора Преображения господня всей гвардии Василий Сицилийский крестил его по православному обряду. Вопреемниками были брат и сестра родителей, коллежский асессор Александр Васильевич Дружинин и вдова умершего флотского капитана Якова Головнина Александра Петровна (РГИА СПб Ф. 14. Оп. 3. Т. 5. Д. 20627. Л. 4).
Раннее детство прошло на Моховой улице, в д. 8, кв. 2, куда семья переехала после отставки отца (Всеобщая адресная книга СПб. с Васильевским островом, Петербургскою и Выборгскою сторонами и Охтою: В 5 отд. /Предисл. Г.Д. Гоппе , Г.К. Корнфельда. СПб. 1867-1868. Ч. 3. С. 158.)
В 1879 г. окончил 3-ю классическую гимназию, и в том же году поступил в Cанкт–Петербургский университет на историко-филологический факультет, который закончил в 1883 г. со степенью кандидата (ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 3. Т.5. Д. 20627. Л. 31. Личное дело студента В.Г. Дружинина) и был оставлен для приготовления к профессорскому званию (РГИА Ф. 468. Оп. 44. Д. 1309. Л. 26об. 1896 г. Формулярный список В.Г. Дружинина).
Историк церковного раскола, археограф, палеограф. Член-корреспондент Российской Академии Наук с 1920 года.
Крупнейший собиратель памятников по истории старообрядчества.
До тысячи раскольничьих рукописей передал он из своей библиотеки в Библиотеку Академии Наук.
После окончания историко-филологического факультета С.-Петербургского университета, защитив диссертацию: «Раскол на Дону в конце XVII века» (она издана отдельной книгой в 1889 году), получил степень магистра.
12 декабря 1886 года В.Г. Дружинин поступил на службу в Департамент духовных дел иностранных исповеданий Министерства внутренних дел и прослужил там до 1891 г. (РГИА Ф. 821. Оп. 12. Д. 312. Л. 1-5.) За службу он был пожалован орденом св. Станислава 3 степени и за участие в IY Международном тюремном конгрессе орденом Аннамского дракона.
Был женат, жена — Евдокия Александровна, урожденная Александрова (ПФА РАН Ф. 133. Оп. 1а. Ед. хр. 38. С. 175.; Весь Ленинград на 1930 г. С. 165.: на 1931 г. С. 147). Сын — Александр.
В. Г. Дружинин состоял на службе в Императорской археографической комиссии. Был секретарем Императорского русского археологического общества. Проводил археологические раскопки в Пермской губернии, в том числе и на каслинских озерах.
В. Г. Дружинин является автором нескольких книг. Главные его труды: «Священноиерей Матвей Андреев, его беседы с беспоповцами и послания к ним" (1908); «Словесные науки в Выговской поморской пустыни» (1911); «Попытки Московского государства увеличить число казаков на Дону в середине XVII века (Записки Отдела Военной археологии Императорского Военно-исторического общества)»; «К истории крестьянского искусства XVIII—XIX веков в Олонецкой губернии» (художественное наследие Выгорецкой поморской обители), Известия АН СССР, VI серия, Т. XX в № 15-17, 1926 г.
В советское время, будучи членом-корреспондентом АН СССР, В.Г. Дружинин в 1930 году был арестован. Проходил по так называемому делу «академиков». После приговора выслан в Ростов-Ярославский. Перед смертью получил разрешение на возвращение в Ленинград, где и умер в 1936 году. В 1959 году был реабилитирован за отсутствием состава преступления.
Сын В. Г. Дружинина, – Александр Васильевич Дружинин (30.10.1890 – 1939), юрист по образованию (ИРЛИ Ф. 478. Оп. 1. Д. 136. Л. 35-40), в 1909 г. окончил Третью классическую гимназию, потом юридический факультет университета. Служил присяжным поверенным. В 1939 г. Александр Васильевич Дружинин был арестован и скончался в госпитале «Амурлага».
Первым браком в 1913 г. был женат на Георгиевской Евгении Васильевне (1894 – 1960) выпускнице Высших женских курсов Евгении Васильевне Георгиевской, (ИРЛИ Ф. 478. Оп. 1. Д. 136. Л. 35-40); Брак был бездетным.
Е. В. Георгиевская – писательница, искусствовед, доктор наук. Научный сотрудник Института истории искусств. Автор детских и научно-популярных книг.
Вторая жена – Галина Марковна Степанова, по профессии зубной техник, умерла в блокадном Ленинграде. От брака родилась дочь – Марианна Александровна (1929 -1996).
Марианна Александровна вышла замуж за Коростылева Петра Федоровича (1927 – 2001).
В Санкт–Петербурге в настоящее время проживают правнуки В. Г. Дружинина – Михаил Петрович Коростылев и Ольга Петровна Коростелева (по мужу – Розанова)
